Sejarah terbentuknya Desa Waetele pada awalnya terdiri dari beberapa dusun dengan pusat pemerintahannya di Dusun Savana Jaya dan melingkupi beberapa dusun diantaranya Dusun Savana Jaya, Dusun Bantalareja, Dusun Gogrea dan Dusun Indrapura.

Di tahun 1996 pemilihan kepala desa berlangsung dan dimenangkan oleh Bapak Suherman yang berasal dari Dusun Indrapura dan Pusat pemerintahan desa beralih dari Dusun Savana Jaya ke Dusun Indrapura. Kemudian pada tahun 2003, terjadi pernekaran Dusun Savana Jaya menjadi Desa dengan membawahi Dusun Bantalareja. Dan menyusul pemekaran Dusun Gogrea menjadi desa pada tahun 2010 sehingga sampai saat ini Desa Waetele hanya memiliki 1 (satu) dusun yaitu Dusuri Indrapura.

Sulit untuk menemukan bukti-bukti sejarah dari asal usul diambilnya Nama “WAETELE sebagai nama desa. Yang beredar dimasyarakat hanyalah cerita dari mulut kemulut yang berasal dari kata Way atau Wae dan Tele. Way atau Wae yang berarti air dan Tele berarti mati. Bahwa kawasan ini dulunya merupakan kawasan sungai/kali mati maka dijadikanlah nama istilah tersebut menjadi sebuah nama Desa yaitu Desa Waetele hingga saat ini.

Dalam menjalankan pemerintahan tingkat desa dan kesehariannya, Kepala Desa dibantu oleh Perangkat Desa, RT dan tokoh masyarakat. Berdasarkan keterangan dari para orang tua, tokoh masyarakat serta catatan-catatan yang ada di Deca, dapat di susun yang pernah menjabat ataupun menjadi Kepala Desa Waetele sebagai berikut: